三圣兽包括雷公、炎帝和水君，它们只在玩家击败四大天王并通关后才会出现。根据你开始选择的御三家宝可梦，你会遇到其中一只：选择妙蛙种子对应炎帝，选择小火龙对应水君，选择杰尼龟对应雷公。这些神兽会在关东地区的草丛中随机游走，位置不固定，需要运用宝可梦图鉴的追踪功能来定位它们。由于它们的出现几率较低且会随机变换栖息地，玩家需要保持耐心，在不同草丛中反复尝试才能遇到目标。

捕捉三圣兽前需要做好充分准备，提议携带大量超级球或稀有的大师球，以及恢复HP和PP的药水。队伍中最好配置一只鬼系宝可梦如耿鬼，让它学会黑暗眼神、催眠术、食梦或恶梦以及影子球等技能。黑暗眼神能防止三圣兽运用吼叫逃跑，而情形异常技能如催眠术可以显著进步捕捉成功率。

遇到三圣兽时，立即运用黑暗眼神阻止其逃跑，接着用催眠术将其置于睡眠情形。随后运用攻击技能逐步降低其HP，将其生活值控制在红色或黄色情形后再运用精灵球捕捉。如果拥有时刻球，在战斗超过30回合后运用效果最佳。整个经过需要多次尝试，由于三圣兽的捕获几率本身特别低。

为了进一步提高捕捉效率，可以选择在晚上进行尝试，由于某些神兽在夜间出现几率更高。晴朗的天气条件也也许有助于增加成功概率。在寻觅时注意运用宝可梦图鉴的追踪功能定位位置。